2 Kasım 1943'te Karaçay Özerk Bölgesi, NKVD askerleri tarafından iki saat gibi kısa bir süre içinde tamamen boşaltıldı. Askerlerin emirlerine uymayarak evini terk etmek istemeyenler anında infaz edilirken içeride insan olup olmadığı kontrol edilmeksizin konutlar ateşe verildi. 2 Kasım 1943 tarihinde sabahın erken saatlerinde 32.929'u çocuk olmak üzere 63.333 kişi tıpkı Çeçenlere yapıldığı gibi hayvan vagonlarına doldurularak Kazakistan, Kırgızistan ve Özbekistan çöllerine gönderildi. Yani bir millet ölüme mahkum edilmişti. 8 Mart 1944'de aynı akıbete Karaçaylılarla aynı etnik kökenden gelen Balkarlar maruz kaldı.