İkinci Dünya Savaşı'nda Alman işgaline uğrayan Karaçay'da Almanlar çekilir çekilmez 1943 yılında tekrar Kızıl Ordu'nun hücumuna uğramıştır. Karaçaylıların Almanlarla işbirliği yaptığını iddia eden Sovyet güçleri bölgedeki şehirleri neredeyse tamamen yok etmiş, bununla da yetinmeyerek 2 Kasım 1943 günü bütün Karaçay halkını Orta Asya ve Sibirya'ya sürgüne göndermiştir. Karaçaylılar'a yurtlarına dönme izni ancak 1957 yılında Kruşçev yönetimi tarafından verilmiştir. 1992 yılında Sovyetler Birliği’nin dağılmasının ardından bölge Karaçay-Çerkes Özerk Bölgesi adını almıştır.