Karaçaylılar, 1917 ihtilalinden sonra bolşeviklerin verdikleri bağımsızlık sözünün tutulmaması üzerine Kafkasya’daki diğer halklarla isyan ederek 1918 yılında kurulan Kuzey Kafkasya Birleşik Cumhuriyeti'ne katılmışlardır. Ancak bu Cumhuriyet önce Menşeviklerin daha sonra da Bolşeviklerin saldırısına uğramıştır. 1922 yılında Ruslar tarafından tamamen işgal edilen bölgede Sovyet hükümeti tıpkı Çarlık Rusyası gibi Karaçay-Malkar halkını ikiye bölerek Karaçaylılar'ı Çerkezler'le, Malkarlılar'ı Kabardey Çerkezler'i ile aynı yönetim altında toplayarak, iki halkın birleşmesini engellemiştir. Karaçay Özerk Bölgesinde 1926 yılında Rusya'nın başlattığı zorunlu kollektifleştirme, 1932-1934 yıllarında zorla yapılan kolhozlaştırma çalışmaları sonucu Karaçaylılar ayaklanmış bunun sonucu isyana dönüşmüş, isyanın bastırılması sırasında çok sayıda Karaçaylı öldürülmüş veya Sibirya'ya sürülmüştür.